Литературный псевдоним Шахимардена Кусаинова – Шахимарден.

Ш. Кусаиновым написаны и изданы сборник рассказов «Сад над городом» (1988 г.), роман «Записки корреспондента «Санкт-Петербургских Ведомостей» (1992 г.), книга для детей «Казахи: Колесо и стремена истории» (1998 г.), роман «Скрытый хан» (1999 г.), повесть «Хроника коммутатора» (2002 г.), учебное пособие «Биографии исторических личностей Казахстана XIV-XIX веков» (2001 г.), сочинения в 2-х томах «Проза разных лет» (2012-2013 гг.), книга «Тюркский казан. Традиционная и современная кухня и кулинария казахов» (2015 г.), учебное издание «Написать пьесу и киносценарий» (2018 г.).

Ш. Кусаинов является автором сценариев художественных фильмов «Лейтенант С.» (1987 г.), «Балкон» (1988 г.), «Полет стрелы» (1991 г.), «Қозы көрпеш – Баян сұлұ» (1992 г.), «Небо моего детства» (2011 г.) и др.

Ш. Кусаинов написал ряд пьес, которые были поставлены на сценах казахстанских театров. Наиболее известными являются «Томирис», «Қазақтар», «Замандастар».

Ш. Кусаинов перевёл на русский язык с тюрки более 220 хикметов ходжи Ахмеда Ясави (научный подстрочник и отдельно литературный перевод) и два романа Ж. Аймаутова с казахского языка — «Ақбілек» (перевод издан в 2007 году), «Қартқожа» (перевод издан в 2008 году).

В рамках научной деятельности опубликованы более 50 статей в журналах и сборниках, в частности исследования по вопросам казахской агиографии и суфизма. Им издана монография «Суфизм и агиография в Казахстане» (2015).